聖将戦隊セイントファイブは地下帝国ゲドラを壊滅に追い込み、やっとこの地球にも平和が訪れた・・・。しかし、その裏では、ゲドラ生き残りの幹部がセイントファイブに恨みを持つものを集め新たに「新世界」と名乗る組織を作り上げたのだった。平和が訪れたと安心しているセイントファイブ本部に緊急情報が入る。「オメガシックスシータ」と「イプシロンスリー」二箇所同時に不審者情報が・・・。ブルーとイエローは二手に別れ情報の地点に向かう。「イプシロンスリー」に到着したブルーは見たこともない戦闘員・怪人を発見するが、華麗な身のこなしで敵を倒していく。そこに現れたのはどこかで見覚えがある男。