『昼と夜に分かれたふたつの世界を持つ不思議な学園を舞台に、対照的なキャラクター三人組が魔術の絡んだ難題に立ち向かうストーリー』山奥にそびえたつ大きな時計塔のある全寮制学園に新入生としてやってきた主人公。しかし、初登校の日にいきなりトラブルに巻き込まれ、学園の入り口にある高価そうな像を壊してしまう。学園長から、弁償の代わりにしばらく働けと指示された主人公は、トラブルの原因となった一人の男子生徒と共に『特殊事案調査分室』に配属されることに。大きな地下図書館の奥にある分室の部屋に行ってみると、そこには無関心な様子で一人の少女が待っていた。わけもわからないまま、二人は少女から告げられる。この学園では、本物の魔術が生きているのだ―――と。時計塔の鐘の音と共に、学園には『夜の世界』が現れ、校舎と一体化するのであると。分室の仕事は、学園で起こるあらゆる魔術的な問題を解決すること。こうして主人公たちは、様々な『遺品』に翻弄されながらも学園のために奔走することになるのだが――。