主人公・藤宮晴真（ふじみやはるま）は、上奈木（かみなぎ）学園の2年生。進級が決まった春休み。晴真は、原因不明の高熱を出して、一ヶ月もの間、入院してしまう。そして、5月…晴真の病気が完治して、学校に復帰したものの、クラス替えをしたクラスメイト達と馴染めず、晴真はクラスの中で、浮いた存在になっていた。一方で、数日前に転校して来たばかりの菜乃花（なのか）も、友達が出来ずにいた。二人は席も近く、挨拶を交わし、お互いの身の上話をしているうちに、意気投合する。そして晴真は、菜乃花が「園芸部」に入部するつもりだったと知る。しかし、園芸部は、一年前に廃部になっていた。晴真は、菜乃花の望みを叶えてやるため、園芸部設立に向けて協力すると誓う。それをきっかけに、晴真は多くの友達と出逢い、失った“一ヵ月の時間”を取り戻す。