西暦2082年、日本の海上都市・新海（シンハイ）。主人公「御影悠也」と、義理の妹である「御影このか」の2人は、大人の身勝手な事情や様々な困難に振り回され、住む場所すら見失っていた。そんな折、ホームレス生活を抜け出すため、悠也は裏の仕事に手を出すことに。しかし仕事は失敗し、悠也は軍を指揮していた女に捕まってしまう。死をも覚悟した悠也だったが…女はなぜか悠也をスカウトしたのだった。「頭のいい男の子は好きよ。だから私のものになって欲しいの」悠也・このかの2人は、強制的に船に乗せられ、世界から隔離された絶海の孤島「アリアス」へと送還させられた。「うわ、あったかーい！風、ぜんぜん冷たくないよ、悠ちゃん」そこは、どこまでも澄み切った空と、碧く煌びやかな海に囲まれたまるで楽園のような場所だった。悠也達は軍の秘密裏な監視下のもと、島の住人として普通に生活をし、島で唯一の学園に通うよう言い渡された。こうして御影悠也と御影このかは、ホームレス生活から一転、絶海の孤島「アリアス」で、普通の学園生活を送ることになるのだった。彼らと、そしてアリアスで出逢った少女達が一夏の学園生活の中、心を紡ぎ上げていく絶海の孤島で、空と海と少女たちが織り成す学園恋愛ストーリー。そして僕は空と、海と、この島で恋をする。このセカイに、ココロの場所を求めて。