「とらは3」から1年後…。なのはは、ある時「魔法の国からやってきた」という不思議な少女リンディと出会う。「魔法の国から幾つか消失してしまった、大切な《クリスタル》を探すのを手伝って欲しい。」その願いを聞き届け、そのための力…「魔法」と、その「魔法」を操るための鍵となるステッキ「レイジング・ハート」を手にする事となる。人の心の「想い出」の中に沈んでしまうと言われる《クリスタル》を回収するため、なのはは、魔法の力や、努力や、友情で、今日も元気に魔法少女を頑張るのだが…。