夏休みの初め、山川コウダイと同じ班の女子3人たちが学校に集まりグループ自由研究の課題を決める話し合いをしていた。コウダイにはある提案があったのだが、誰からも相手にされない。そんなコウダイを差し置いて女子の1人香白茉莉花が、まだクラスの誰も経験していないSEXを課題にしそれを実践して発表しようと提案する。女子たちはドキドキするものの、コウダイはまったく興味を示さない。そこで彼は持参した古びた巻物を見せる。自宅で偶然巻物を見つけたコウダイは、それがかつて祖父から聞いた「すっぽんぽんの神様」の言い伝えにまつわるものだという。そして町に散らばっているという神様の御魂（みたま）なるものをすべて集めれば「何でも願いが叶う」。SEX以上の荒唐無稽なこの案に、一同呆れかけるがなぜか茉莉花がこれに興味を示しついに御魂探しを決行することになる。早速始めようとする女子たちを前に、コウダイは御魂を集めるためのある条件を話す…。「すっぽんぽんの神様にはすっぽんぽんで接する。そうじゃないと願いごとは叶えてもらえない」…かくして、4人は御魂のある場所を示すという巻物を片手に、「全裸」で市内の各所へ赴いていく。真夏の炎天下で何もかも丸出しにした無着衣の少年少女たちが、西へ東へ足を運び、街中を駆けまわる。だけど、裸でそんなことをして、何かが起きたりしないだろうか？女子たちはもうSEXに興味をもってるみたいだし、コウダイも……！？。少年少女たちに担任の先生や家族も巻きこんでの、真夏の大？冒険が幕を開ける。