主人公・桐山雄一が入学した学校は去年まで女子校であったという事もあり、圧倒的に男子が少ない状況の中、女子から常に虐げられた扱いを受けていたのであった。そんな女子の中心的存在で生徒会長である綾香とそれを補佐するクラスメートの千春を中心に、主人公は悪友とフラストレーション解消を兼ねて、面白半分に女子を屈服させるための計画「男子下克上計画」を練るのであった。だがそんなある日、計画書にあった千春の弱みを握りこちらに取り込んでいくという項目を思い返しつつ生徒会室を覗くと、そこではオナニーをする千春という場面に出くわしてしまう……それは面白半分に立てたはずの『学園下克上計画』が現実味を帯びた瞬間であった。