ある日、戰獄学園（せんごくがくえん）から入学の推薦状が届いた。主人公・明智光秀は、日々の生活費をバイトで稼ぐ『学生浪人』。憧れの学生生活に、1も2もなく飛びついた。ところが転校初日――光秀は、いきなり捕縛される事態に！「余の前によくも顔を出せたな、打ち首じゃ！」光秀の目前に立ちスラリと刀を抜きはなった少女は、織田信長と名乗った。「お、俺は名前が明智ってだけで、本物の明智光秀じゃないんです！？」事情が飲み込めぬまま命乞いをし、危ういところを命からがら逃げ出したものの……。光秀は武田信玄、上杉謙信など、次々と戦国武将の名前を持った少女に出会う。そう、ここは『戰獄学園』。戦国武将の生まれ変わりが集う場所だったのだ！推薦状が光秀の元に届いたのは、“明智光秀”の生まれ変わりと勘違いされた為であった。学園天下統一を目指す少女達と、光秀の受難の日々は――こうして幕を開けた。